《汤姆叔叔的小屋》的全书都被同一个主题所主宰：奴隶制度的罪恶与不道德。当斯托夫人在她的文字里写入次要的主题时——譬如母亲的道德权威以及由基督教提供拯救的可能性——她都会强调这些主题与奴隶制的恐怖之间的联系。
几乎在小说的每一页里，斯托夫人都在积极推动着“奴隶制度不道德”这一主题，有些时候她甚至会改变故事叙述的口吻，以向人们“布道”奴隶制的破坏天性(譬如，在载着汤姆前往南方州的轮船上，有一名白人女性这样说道：“奴隶制的最可怕之处就在于对感情和亲情的践踏——比如拆散人家的骨肉。”)
通过对黑奴制度拆散他人家庭的刻画，斯托夫人用文字展现出了奴隶制度的罪恶。
